Les principales activités économiques du littoral (conchyliculture, pêche à pied professionnelle, baignade, pêche de loisir…) sont directement liées à la qualité microbiologique des eaux. 

Globalement, sur le Parc, cette qualité est variable et très dépendante des apports des cours d’eau et des activités à proximité. Les germes sont véhiculés par les courants et les forts débits favorisant les transferts vers le milieu marin. La dispersion en mer des eaux polluées dépend des conditions de marées et de vent, qui déterminent alors le risque de contamination des plages et des gisements coquilliers. 

Les principales sources de pollutions microbiologiques ont des origines domestiques (contamination par des rejets d’eaux usées) ou agricoles (excréments d’animaux suite au lessivage des parcelles pâturées, divagation du bétail). Les zones urbaines et les communes littorales constituent une part importante des sources de pollution en mer.