Dans le plan de gestion du Parc, la qualité écologique inclue la qualité générale de l’eau, et les conditions optimales de développement des premiers maillons du réseau trophique et l’approche sanitaire du milieu en lien avec les eaux de baignade et les eaux dédiées aux zones conchylicoles.

La conservation de la biodiversité et le maintien de la productivité des écosystèmes dépendent étroitement des conditions générales de la colonne d’eau. En effet, il est nécessaire que différents paramètres physico-chimiques, tels que l’oxygène, la turbidité, les nutriments, se situent dans des gammes de concentration en accord avec l’équilibre des réseaux trophiques, et conditionnent en particulier le bon développement des premiers maillons de ces réseaux. 

Pour soutenir aussi bien les activités conchylicoles que les activités récréatives de bord de mer, il est nécessaire de répondre aux problématiques sanitaires rencontrées à la côte et pallier ainsi aux situations récurrentes dommageables à une bonne qualité de l’eau, support d’une activité socio-économique locale importante.