Le Parc naturel marin des estuaires picards et de la mer d’Opale est sous l'influence des eaux continentales. Ainsi, les sept fleuves côtiers (correspondant aux sept estuaires) contribuent avec les eaux provenant de la Seine à former un fleuve marin, s'étendant du Sud vers le Nord. Ces eaux sont riches en nutriments et matières en suspension et contribuent au cycle de vie des espèces du Parc.
Des courants marins issus de l’Atlantique et des vents orientés vers le nord-est contribuent également à façonner l’aire marine protégée : des dunes sous-marines, véritable "Sahara immergé", se déroulent sous leurs effets cumulés. On parle de dunes hydrauliques : "hydrau" signifiant "eau" en grec.

De nombreux poissons, comme la sole, et des coquillages s’y reproduisent et grandissent. Il n’est pas rare d’apercevoir le marsouin ou le lagénorhynque à bec blanc, migrant vers des eaux plus septentrionales, à l’instar des fous de bassan, sternes et plongeons arctiques.
En raison des fonds sableux, les algues fixées sont quant à elles très restreintes.