Les apports en micropolluants dans le milieu peuvent être ponctuels (rejets industriels, rejet urbains), diffus (apports agricoles, retombées atmosphériques) ou intégrés (apports par des fleuves), sans oublier les apports liés à l’usage du milieu. Les activités portuaires et l’immersion des sédiments de dragage, le transport maritime, la navigation, la pêche, les activités industrielles peuvent également être source de pollutions chroniques ou accidentelles. 

Ces micropolluants concernent des composés synthétiques, des substances biologiquement actives et d’autres substances dangereuses, notamment les métaux lourds et les hydrocarbures. De plus, certaines d’entre elles peuvent être remises en suspension lors du transport des sédiments fluviaux, d’opérations de dragage ou d’immersion des matériaux dragués. Elles peuvent également être réintroduites dans le milieu lors du déversement des effluents de carénage dans les ports de plaisance. 

Généralement peu ou pas dégradables, ces micropolluants sont sources de nombreuses perturbations pour la faune, la flore et la santé humaine et contribuent à l’appauvrissement des écosystèmes aquatiques. Certains ont tendance à s’accumuler dans les réseaux trophiques, créant un gradient de pollution depuis les premiers maillons de la chaîne alimentaire vers les prédateurs supérieurs. 

Les micropolluants les plus problématiques sont ceux persistants, bioaccumulables et toxiques. Il est donc important de limiter leur présence dans le milieu. L’exposition des organismes aquatiques aux micropolluants conduit à une large gamme d’effets biologiques, de problème d’intégrité du génome jusqu’au fonctionnement global de l’écosystème.