Les cours d’eau véhiculent de nombreux nutriments (azote, phosphore...) vers la mer, en drainant les bassins versant :

• Les apports en azote, principalement sous forme de nitrate, sont les plus importants et majoritairement liés aux activités agricoles. Les flux de nitrate sont également liés aux rejets domestiques et industriels. 

• Les flux en phosphore proviennent principalement des eaux usées urbaines et, dans une moindre mesure, des usages agricoles. 

Si les nutriments ne sont pas directement toxiques pour le milieu marin, des apports en excès en zone côtière peuvent être considérés comme une pression à l’origine de nuisances indirectes et ils représentent un de principaux facteurs responsables des phénomènes d'eutrophisation : excès en nutriments dans un milieu aquatique qui se manifeste par la prolifération de microalgues ou « bloom algal » et dont la décomposition provoque une consommation d’oxygène et une asphyxie du milieu.

Au sein du Parc, les courants confinent ces apports en nutriments dans la zone côtière, favorisant une production phytoplanctonique importante. Ces apports peuvent alors modifier les équilibres planctoniques.

Cet enrichissement en nutriment peut également favoriser le développement d’espèces phytoplanctoniques toxiques.

La qualité des eaux du point de vue du phénomène d’eutrophisation est en grande partie due aux flux de nutriments issus principalement des bassins versants. Les pressions exercées par les cours d’eau représentent alors une source de perturbation majeure pour le milieu marin.