Le Parc naturel marin est bordé de falaises. Au nord, les falaises tendres de la boutonnière du Boulonnais sont principalement composées de marnes, d’argiles, de sable et de grès. Au sud, les hautes falaises du pays de Caux dominent l’estran composé de blocs, de platiers rocheux et de sable. Elles se sont formées à l’ère secondaire par une lente accumulation de couches sédimentaires, de craies et d’argiles. Ces masses rocheuses sont le lieu d’accueil d’oiseaux marins nicheurs et d’une végétation spécifique. Au nord, comme au sud, les falaises sont soumises à un recul inéluctable au cours des temps actuels.

Le Parc marin contient 7 estuaires en son sein : la Slack, le Wimereux, la Liane, la Canche, l’Authie, la Somme et la Bresle. Ces zones de mélange des eaux marines et fluviales sont des interfaces terre-mer complexes, riches d’une mosaïque d’habitats. Ce sont des milieux très attractifs pour de nombreuses espèces et pour l’Homme, qui y pratique des activités professionnelles et de loisirs.

Les plages sableuses sont majoritaires sur le territoire du Parc. Le brassage important des sédiments laisse sur l’estran les sables les plus fins. Cet environnement dit « macrotidal », c’est-à-dire qui subit des amplitudes de marées importantes, est le siège d’habitats pour de nombreuses espèces. Au nord et au sud du Parc, quelques plages à estrans rocheux s’étendent sur une trentaine de kilomètres.

Finalement, les fonds marins sont caractérisés par des sédiments meubles et fins, qui composent 50% des fonds de la Manche. Ils sont marqués par de longs bancs de sable, et les fonds meubles peu profonds assurent différentes fonctionnalités. Ils abritent notamment des nourriceries, l’espace d’alimentation des poissons juvéniles, et des frayères, l’endroit où les œufs sont pondus. De hauts fonds rocheux, appelés riddens, complètent ce paysage et accueillent une faune et une flore variées : hydraires, anémones, corail mou, éponges, etc.