Dominique GODEFROY est membre du conseil de gestion du Parc naturel marin des estuaires picards et de la mer d’Opale depuis sa création en juillet 2013 et préside le conseil de gestion depuis octobre 2014.
Il y siège en tant que représentant des collectivités territoriales et de leurs groupements, au titre de sa fonction de vice-président de la communauté d’agglomération du Boulonnais en charge de la planification littorale et maritime, politique de l'eau, patrimoine naturel
Il exerce également la vice-présidence de l’Association Nationale des Élus du Littoral (ANEL) pour la façade « Manche - Mer du nord ».
Il est directeur du centre Manche – Mer du nord de l’Ifremer depuis 2007, et préside le Groupement d’Intérêt Scientifique Campus de la mer.