De nombreuses espèces d'oiseaux fréquentent le Parc naturel marin des estuaires picards et de la mer d'Opale, tant sur le littoral que plus au large. Améliorer la connaissance de ces espèces est un objectif du Parc.
Un inventaire des oiseaux fréquentant l’estuaire de la Slack a été réalisé en 2020 par le Groupe ornithologique et naturaliste du Nord – Pas-de-Calais et financé par le Parc naturel marin.
Le littoral du Parc naturel marin, et en particulier les estuaires picards de la Slack, de la Canche, de l'Authie et de la Somme, accueille de nombreuses espèces de limicoles côtiers et d'anatidés (canards et oies), ces oiseaux qui vivent et se nourrissent sur les zones humides en bord de plage et les marais.
Les vasières et les plages de sable et de galets du Parc abritent plusieurs mois dans l’année le Gravelot à collier interrompu, une espèce rare et menacée.
Les oiseaux en mer sont divisés en deux catégories : les oiseaux marins du large et les oiseaux marins côtiers. Nombreux à survoler le littoral et les eaux du Parc, ils sont pour la plupart des espèces à enjeux de préservation.
Les hauts de plages et les dunes du Parc naturel marin abritent trois espèces rares et menacées : le Gravelot à collier interrompu, le Petit gravelot et le Grand gravelot.
Le Phragmite aquatique est un passereau (oiseau de petite taille) menacé. Les estuaires du Parc possèdent vraisemblablement une importance internationale pour la conservation de l’espèce.
Le Parc et l'observatoire PELAGIS mènent une étude sur la mégafaune marine - oiseaux, mammifères et éventuelles autres espèces de grande taille - par observation aérienne.
Déconfinement - Le public pourrait être prochainement de nouveau autorisé à parcourir certaines plages du Parc naturel marin. Or, durant le confinement, des oiseaux protégés ont pu nidifier et pondre sans se soucier de la présence humaine.
La production Deux-ci d'eux-là diffuse un reportage sur les Gravelots "petits échassiers emblématiques de la baie de Somme": présentation d'une action des agents de terrain du Parc.
Le préfet du Pas-de-Calais et le préfet maritime ont préparé deux projets d’arrêtés préfectoraux de protection de biotope afin de garantir notamment la conservation des biotopes nécessaires à la reproduction, au repos et à la survie du Fulmar boréal (Fulmarus glacialis), de la Mouette tridatyle (Rissa tridactyla).